🌊 El proyecto
Los corales gorgonios mediterráneos son ingenieros de ecosistema: filtran el agua, dan refugio a cientos de especies y son indicadores clave de la salud del litoral. Este proyecto analiza la diversidad genética del holobionte —la comunidad formada por el coral, sus simbiontes, bacterias asociadas y microorganismos— mediante secuenciación masiva y análisis bioinformático.
A partir de 8 muestras de ADN (ADN01–ADN08) se reconstruyó el perfil taxonómico completo de cada ejemplar, distinguiendo el hospedador dominante, los simbiontes potenciales y los contaminantes ambientales, gracias a un pipeline de clasificación con Kraken2 sobre un clúster K3s con computación bare-metal.
🪸 Especies estudiadas
Leptogorgia sarmentosa
Gorgonia mediterránea. Hospedador dominante en el cluster A (ADN01, ADN05, ADN07, ADN08) con ~94–95% de señal clasificada.
Eunicella verrucosa + cavolini
Gorgonias del género Eunicella, co-dominantes en el cluster B (ADN02, ADN03, ADN04, ADN06) con ~81–85% de señal clasificada.
Holobionte completo
Análisis de la comunidad asociada: simbiontes tipo Symbiodinium, bacterias marinas y microorganismos, separados del ruido de contaminación.
Objetivo
Identificar y cuantificar la diversidad genética del holobionte coralino mediante secuenciación de ADN y clasificación taxonómica automatizada.
🧪 Metodología en un vistazo
El flujo completo va de la muestra biológica al perfil taxonómico: extracción de ADN, secuenciación en formato FASTQ, filtrado de contaminantes con bbduk, clasificación con kraken2 y análisis de resultados. Detalles en metodología.
1 · Extracción ADN
Procesado del tejido coralino y purificación de ADN genómico de cada muestra.
2 · Secuenciación
Generación de lecturas en formato FASTQ para las 8 muestras.
3 · Filtrado
Eliminación de adaptadores y contaminantes con bbduk.
4 · Clasificación
Asignación taxonómica con kraken2 y base de datos personalizada.
📊 Primeros hallazgos
🪸 Cluster Leptogorgia
Leptogorgia sarmentosa como hospedador dominante
~94–95% de lecturas clasificadas como hospedador, con la mejor relación señal/ruido del estudio.
🪸 Cluster Eunicella
Eunicella verrucosa + cavolini co-dominantes
~81–85% de lecturas clasificadas como hospedador, con mayor diversidad asociada al holobionte.
📖 Tabla completa de las 8 muestras y contaminantes detectados en la página de resultados.