🔀 Flujo del proceso de análisis
Representación visual del pipeline completo: desde la toma de muestras de coral hasta el análisis de expresión diferencial. Las ramas principales corresponden a la clasificación taxonómica y al análisis de expresión.
🧭 Vista general
🔬 Pipelines de análisis (Dawei)
El análisis de las muestras de coral sigue dos pipelines complementarios: metagenómico (ADN) para caracterización taxonómica del holobionte, y metatranscriptómico (ARN) para análisis del perfil funcional. Los parámetros están optimizados para octocorales mediterráneos.
108.749 transcritos (ARN TS004)
Mapeo Salmon: 99.69% tasa de éxito. Leptogorgia dominante en cluster A, Eunicella en cluster B.
Perfil funcional
83.38% transcritos sin clasificar. Bacteria 9.39%, Homo 4.36%, Cnidaria 0.05%.
28.203 proteínas identificadas
Genes de mayor expresión: plásmidos bacterianos (lacZ, beta-lactamase) y vertebrados (EMP2).
Sin expresión Octocorallia funcional
Los niveles superiores de expresión no muestran genes funcionales de coral o simbiontes.
💡 Indicaciones científicas clave
Dos perfiles de especie dominante
ADN01, 05, 07 y 08: Leptogorgia sarmentosa (>94%). ADN02, 03, 04 y 06: Eunicella verrucosa (~60%) + Eunicella cavolini (~24%). El resto <0.2%.
108.749 transcritos · mapeo 99.69%
La muestra TS004 generó 108.749 transcritos con un mapeo Salmon del 99.69%. La mayoría se concentró en secuencias cortas (150–350 pb) sin capacidad codificante.
Sin señal de coral, exceso de bacterias y humanos
83.38% no clasificados, 9.39% bacterias (Pseudomonadota), 4.36% Homo sapiens y solo 0.05% Cnidaria. Ausencia de expresión funcional de Octocorallia o Symbiodiniaceae.
Genes altamente expresados de plásmidos
28.203 proteínas anotadas; los genes con mayor expresión pertenecieron a plásmidos de laboratorio (lacZ, beta-lactamase), bacterias (oprF, mucA) y vertebrados (EMP2).